Jean-Philippe Wurtz fait ses études au Conservatoire National de Région de Strasbourg où il obtient les premiers prix de piano, musique de chambre, analyse, harmonie, contrepoint. Il y travaille notamment avec Jean-Louis Haguenauer dont il devient l’assistant en 1993.

Il poursuit ses études à la Musikhochschule de Karlsruhe et reçoit aussi les conseils d’Ernest Bour qu’il rencontre à Strasbourg. Parallèlement, il est admis en tant qu’étudiant de l’International Eötvös Institute, qui lui permet de se perfectionner auprès de Peter Eötvös. Dans le cadre de cette formation, il est amené à diriger les ensembles Asko, Modern et Contrechamps, notamment lors des sessions de Szombathely (Hongrie) et du Centre Acanthes.

Après avoir été l’assistant de Kent Nagano et de Peter Eötvös, il fonde en 1998, l’ensemble LINEA, dédié à la création.

Entre 1997 et 2000, il est directeur des Etudes Musicales aux Opéras de Montpellier et chef assistant à l’Orchestre National de Montpellier – Languedoc Roussillon, ce qui l’amène à travailler avec des chefs comme Friedemann Layer, Armin Jordan, Stuart Bedford et des metteurs en scènes tels Robert Carsen, Daniel Mesguich, Alfredo Arias, Jacques Nichet…

Sa carrière de chef l’amène alors à diriger, entre autres, l’Ensemble Modern, l’Ensemble Linea, le Kammerensemble Neue Musik Berlin, l’Ensemble Plural, l’Ensemble Smash, l’Ensemble Accroche Note, l’Orchestre National des Pays de Loire, l’Orchestre National de Bordeaux-Aquitaine, l’Ensemble Intermodulacio, l’Ensemble Alternance, l’Ensemble Oh-ton, l’Ensemble Talea, l’Orchestre National de Montpellier, l’ensemble ECCE, le Philharmonia Orchestra…

Il est l’invité régulier des grands festivals : Strasbourg (Musica), Montpellier (Radio-France), Budapest (Autumn Festival), Bruxelles (Ars Musica), Huddersfield (HCMF), Madrid, Bucarest, Vitoria, Darmstadt (Ferienkursen), Buffalo (June in Buffalo), New York (Lincoln Center), Fondation Royaumont (France), Seoul (ACL)… Pédagogue engagé, il collabore régulièrement avec les Musikhochschulen de Bremen, Essen, Karlsruhe, ainsi qu’avec le Conservatoire National Supérieur de Musique et Danse de Paris, la Haute Ecole des Arts du Rhin, le Conservatoire de Strasbourg et la Fondation Eötvös.

Interprète engagé dans la création, il a donné plus de trois cents premières, parmi lesquelles des partitions de Klaus Huber, Peter Eötvös, Brian Ferneyhough, Michael Jarrell, Wolfgang Rihm, Younghi Pagh-Paan, Unsuk Chin, Raphaël Cendo, Francesco Filidei, Alberto Posadas, Mark André, Frédéric Durieux…

Il est nommé Directeur Artistique du programme Voix Nouvelles à la Fondation Royaumont en septembre 2015.